Kadidiri kann ich sehr empfehlen. Es ist schwer hinzukommen, aber noch fast schwerer wieder wegzukommen. So stehts im Lonely Planet und für einmal hat die Reisebibel recht.
Ich würde über Gotontalo anreisen, weil die Schiffe von dort aus besser sind und du nach Gorontalo fliegen kannst. Ampana ist gut, wenn du ohnehin noch einen Abstecher nach Tana Toraja machen willst (sehr sehenswert!) planst.
Es gibt noch eine dritte Möglichkeit: Von Wakai fährst du zum Städtchen Bomba und nimmst dort das Boot nach Ampana. Das habe ich selber nicht gemacht, sondern nur davon gehört.
In meinem Blog habe ich die Anreisemöglichkeiten (und ein paar andere Dinge) zusammengefasst:
http://weltreiseforum.com/blog/kadidiri ... -viel-ist/
Vielleicht noch ein Wort zu den Fähren: Man hört sehr viel schlimmes über die Boote in Indonsien. Die Schiffe, die ich nahm, machten allen einen recht vertrauenserweckenden Eindruck. Ohnehin ist das Meer in der Regel relativ ruhig, da es sich zwischen zwei langen Landarmen befindet.